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16小時揭開病毒“真面目”

發(fā)布時間:2022-01-13來源:深圳商報編輯:王營波

深圳市疾控中心新冠溯源團隊。(受訪者供圖)

連日來,深圳市疾控中心的應急實驗樓徹夜燈火通明。這里是深圳市疾控中心新冠溯源團隊的實驗場所。從1月6日晚上拿到此次“0107”疫情的第一個新冠病毒核酸檢測陽性樣本開始,這支團隊已經連軸轉了4天5夜。

1月10日,深圳通報,“0107”疫情前4個病例感染的毒株均為德爾塔變異株(AY.103進化分支),且100%同源。綜合分析,本起疫情源頭為境外輸入引起的本土疫情,暴露于境外新冠病毒污染物品引起感染的可能性大。為查清疫情源頭做出重大貢獻的,正是深圳市疾控中心新冠溯源團隊。

“早一分鐘確定傳染源,就為跑贏新冠病毒增加一分勝算。”10日,深圳市疾病預防控制中心病原生物研究所副所長、深圳疾控新冠溯源團隊負責人何雅青接受深圳商報記者專訪時如此表示。此次,何雅青帶領的團隊僅用16小時,就查清了本起疫情病例1、病例2感染的新冠病毒型別,較之前足足提前了8小時。

爭分奪秒,凌晨5時狂奔回實驗室

時間回到1月6日。

當天晚上10時30分左右,何雅青接到深圳本地的“10混1”核酸檢測樣本里有一個呈可疑陽性。拿到核酸初篩的熒光PCR結果圖,看了幾眼,憑著豐富的經驗,她已基本確定深圳可能出現新冠病毒感染病例。

“本土出現新冠病毒感染病例,這是大事,必須馬上進行病毒基因溯源?!焙窝徘嗄X中的警鈴立馬拉響。她第一時間打電話給團隊相關成員,做好要回單位做新冠病毒全基因組序列測定的準備。同時,何雅青立即給中心領導發(fā)去信息——“已安排:如出現陽性病例,第一時間測序”。

11時30分,經過實驗確認,證實是新冠病毒核酸陽性。之后,第二個核酸檢測可疑陽性的樣本也送到市疾控中心,經實驗室確認,證實出現第二例新冠病毒感染者。

基因測序需要經過樣本前處理、文庫構建、測序反應、生物信息學分析等步驟。其中,文庫構建包括RNA反轉錄、擴增等。團隊成員朱燦身兼核酸檢測和病毒溯源組的工作。7日凌晨4時,核酸檢測工作結束后,朱燦又連忙開始了做基因測序的文庫構建第一步,進行RNA反轉錄?!盎驕y序流程一環(huán)扣一環(huán),特別是出現了本土病例,每個人都打起了100分精神,不敢絲毫松懈?!焙窝徘嗾f,在這緊張忙碌的過程中,發(fā)生了很多讓她感動的事。

為了盡快出結果,按何雅青幾小時前的安排,1月7日凌晨5時,天還沒亮,測序組的魏欣儀就已經急忙從家里跑回單位,著手測序工作。組里另一成員陳龍原定7日白天出發(fā)去甘肅提親,得知出現本土病例需要病毒溯源后,考慮到疫情影響怕不能及時返深,7日早上五六點便打電話給何雅青,表示推遲提親,先回所里開展工作。

基因溯源,讓病毒來源“一錘定音”

7日早上8時多,官方公布深圳報告2例新冠確診病例的消息后,坊間開始有謠言出現,有人說是奧密克戎,有人說是德爾塔。為了盡快出結果,堵住謠言,團隊更是不敢松懈?!皽y序反應步驟結束下機時,拿著原始數據,組員李詩敏和盧清菊從二樓跑到四樓,第一時間把U盤插到服務器上,迅速開始拼接病毒基因序列,一秒鐘都不敢耽誤。”

1月7日晚上8時,基因測序結果出爐,顯示此次病例1和病例2感染的新冠病毒為德爾塔變異株(AY.103進化分支),兩者的同源性為100%?!笆堑聽査儺愔?,不是奧密克戎!”報告的出爐為病毒型別“一錘定音”,何雅青也大松一口氣,立馬把這消息向上級領導報告。

晚上11時12分,深圳衛(wèi)健委微信公眾號發(fā)文“深圳2例確診病例基因測序結果:為德爾塔變異株”。推文一出,大家紛紛轉發(fā)。

何雅青告訴記者,奧密克戎相對德爾塔,傳播性更強。如果是奧密克戎,深圳恐怕會面臨更大的挑戰(zhàn),相關工作人員的排查工作也會更艱巨?!案匾氖牵覀兇饲斑€沒有處理奧密克戎的經驗,這意味著風險性也更大?!?/p>

技術護航,科學研判疫情

何雅青介紹,此次新冠病毒全基因組序列測定使用的是高通量測序技術,也稱二代測序技術?!?021年5月11日國家發(fā)布的第八版新冠肺炎防控方案中明確指出新冠病毒溯源要使用二代測序技術,我們單位一直采用這個技術進行新冠病毒的溯源實驗,包括去年的‘5·21’和‘6·14’疫情?!?/p>

在何雅青看來,出現新冠病毒本土病例后,第一時間進行病毒溯源十分重要?!拔覀兪紫纫_定病毒的型別,然后要確定病毒的來源。對不同型別的新冠病毒,我們劃定的重點人群和重點區(qū)域,以及所采取的防控措施是有所不同的。其次,通過與深圳、廣東省、全國輸入病例以及國外的新冠病毒序列的比較,可以確定病毒的源頭”,何雅青表示,通過病毒基因序列的比對,可以推斷疫情傳播源頭是否是同一來源。

年輕“勁”足,與病毒源頭抗戰(zhàn)到底

高效溯源工作背后,是一支年輕的團隊。

第一個“年輕”是成立時間短。2020年1月,何雅青工傷初愈回到所里上班后,第一件事就是組建新冠溯源平臺。“作為一個病毒分子流行病學的研究學者,我始終覺得我們該有自己的病毒基因溯源團隊?!焙窝徘嗾f干就干,擬項目、組團隊、買設備,深圳市疾控中心新冠溯源團隊不到一個月就已成形。

第二個“年輕”是平均年齡小。何雅青組建的這支團隊,平均年齡也很年輕,大部分為90后,甚至還有00后?!安《舅菰床⒉皇且粋€輕松的工作,我們常常要跟病毒賽跑?!痹诤窝徘嗫磥?,年輕人有活力,有干勁,學習快,肯吃苦,正好與基因溯源工作相契合。

自組建以來,不分白日晝夜,不分節(jié)假日,熬夜加班成了這支團隊的家常便飯。平時,他們需要承擔新冠病毒日常檢測和確認、信息報送工作,遇到新冠病毒陽性樣本報告時,便要爭分奪秒地開始新冠病毒溯源工作。“每完成一次溯源工作,判斷出病毒的源頭,我們都深感自豪?!焙窝徘嗾f。

從“5·21”到“6·14”,再到此次的“0107”疫情,這已經是團隊第三次遇到突發(fā)新冠病毒本土病例的“考試”。每一次,何雅青的團隊交出的“考卷”分數都刷新高,基因測序時長從一開始的27小時到24小時,再到這次的16小時,為政府決策以及流調人員排查潛在感染者(密切接觸者)多爭取了寶貴的8小時,保護了更多人的生命健康。(記者 袁靜嫻